Dimulai Pada Tahun 1947, pada saat itu bergabunglah dua wilayah Kalurahan yaitu Kalurahan KARANG TENGAH yang berkedudukan di Karang Tengah Kidul (Rt. 07 sekarang) dan Kalurahan KEMBANG yang berkedudukan di Kembang (Rt.15 sekarang) menjadi satu bernama Kalurahan MARGOSARI.

Dalam Penyelenggaraan Pemerintahan dan Pembangunan Desa, Kalurahan Margosari di pimpin oleh seorang Lurah, dibantu seorang Carik, beberapa Kapala urusan, Beberapa Kepala Dusun dan Staf. Kalurahan Margosari sesuai dengan data dan peta Kalurahan yang terbit Tahun 1950 memiliki luas 490.3765 ha meliputi pedusunan Kemiri, Karang tengah kidul, Karang Tengah Lor, Kembang, Gunung Gondang, Kalisoka , Kalipetir Kidul dan Kalipetir Lor.

Penyelenggara pemerintahan pada saat itu dimulai dari :

1. Periode I :

Kalurahan Margosari dipimpin oleh Lurah bernama WIRYODIHARJO yang memerintah dari tahun  1947 s/d 1986. Beliau berasal dari pedukuhan KEMIRI  yang semula adalah mantan Carik Kalurahan Karang Tengah. Pemilihan pada saat itu dilakukan dengan cara Acungan Jari Tangan (rapat formatur) yang diikuti 2 calon yaitu WIRYODIHARJO  dan SARJONO.

Dalam kepemimpinanya Lurah WIRYODIHARJO dibantu seorang Carik bernama MITRO WARDOYO dari Kembang dengan di bantu 11 (Sebelas) orang perangkat Desa Lainya.

Setelah berakhirnya masa Pemerintahan WIRYODIHARJO pada Tahun 1986, Kalurahan Margosari di pimpin oleh SELO WISASTRO ( Kaur Keamanan ) dari Karang Tengah Kidul sebagai PJ Lurah Desa selama Kurang lebih satu tahun.

2. Periode II :

Kalurahan Margosari dipimpin oleh Lurah bernama TOEKIMIN yang memerintah dari tahun  1987 S/D 1995. Beliau berasal dari pedukuhan GUNUNG GONDANG. Pemilihan pada saat itu diikuti oleh 7 (tujuh) calon Lurah yaitu :

1. TOEKIMIN ( Dari Gunung Gondang)
2. BOMAN                            ( Dari Kalipetir Kidul )
3. SADI HADI MULYONO        ( Dari Gunung Gondang )
4. G. HARDIANTO                 ( Dari Kembang )
5. BIKIS HADI KISWOTO       ( Dari Kalipetir Lor )
6. NGATIJO TEJO HARTONO   ( Dari Kalisoka )
7. MUJIMUN                         ( Dari Kalisoka )

Lurah TOEKIMIN di Bantu seorang carik bernama  MITRO WARDOYO yang setelah purna tugas dilanjutkan oleh carik ISMARTOYO dari Karang Tengah Kidul dengan 16 (Enam Belas) Orang Perangkat Desa Lainya.

Pada masa berakhirnya Kepemimpinan Lurah TOEKIMIN tahun 1995 Kalurahan MARGOSARI yang sudah berubah sebutan menjadi DESA MARGOSARI di pimpin oleh ISMARTOYO ( Carik ) sebagai PJ Lurah Selama Kurang Lebih 9 Bulan.

3. Periode III :

Desa Margosari dipimpin oleh Lurah bernama DANANG SUBIANTORO, SE yang memerintah dari tahun 1996 s/d 2004. Beliau berasal dari pedukuhan KALIPETIR KIDUL.

Pemilihan pada saat itu diikuti oleh 4 (empat) calon Lurah yaitu :

1. DANANG SUBIANTORO,SE ( Dari Kalipetir Kidul )
2. TOEKIMIN   ( Dari Gunung Gondang )
3. BUDI PURNOMO, BA ( Dari Gunung Gondang )
4. SAMTO ( Dari Kalipetir Lor )

Lurah DANANG SUBAIANTORO di Bantu seorang carik bernama  ISMARTOYO, dgn 17 (Tujuh Belas ) Orang Perangkat Desa Lainya.

Pada masa ini pula dibentuk Lembaga Desa bernama BADAN PERWAKILAN DESA (BPD)yang beranggotakan 11 orang dengan Ketua bernama SOEJONO dari Karang tengah Kidul.

4. Periode IV :

Desa Margosari dipimpin oleh Kepala Desa bernama SARANTA yang memerintah dari tahun 2004 s/d 2013. Beliau berasal dari pedukuhan KARANG TENGAH LOR.

Pemilihan Kades pada saat itu diikuti oleh 3 (tiga) calon kades yaitu

1. SARANTA ( Dari Karangtengah Lor )
2. TUPIN ( Dari Kembang )
3. MURSANTO ( Dari Karangtengah Kidul )

Kades SARANTA di Bantu seorang carik bernama  ISMARTOYO dengan 19 (Sembilan Belas) Orang perangkat Desa Lainya.

Pada masa ini pula Lembaga BPD yang semula BADAN PERWAKILAN DESA diganti dengan BADAN PERMUSYAWARATN DESA yang juga beranggotakan 11 orang dengan Ketua Drs. JOKO PURNOMO dari Karang Tengah Lor.

Dengan hasil hasil Pembangunan :

• Perkerasan Jalan Kalipetir Kidul
• Perkerasan Jalan Kembang sd Gunung Gondang
• Rehab Balai Desa

5. Pada tanggal 24 Juni 2013 Kepala Desa Saranta diberhentikan dengan hormat oleh Bupati Kulonprogo dari Jabatan Kepala Desa (karna yg bersangkutan maju sebagai Calon Legislatif Daerah ) dan selanjutnya diangkat saudara ISMARTOYO, BSc sebagai Penjabat Kepala desa.